A génmegőrzés célja a genetikai erőforrások védelme. A zavartalan és választékos élelmiszer-ellátás, az élelmiszer önrendelkezés elképzelhetetlen a kiegyensúlyozott állattenyésztés, az pedig a hagyományos fajták megőrzött génállománya nélkül. Ezért a helyi fajtákat az esetek többségében a nemzeti szuverenitással, kulturális értékekkel is azonosítják, hiszen csak az a mezőgazdaság lehet sikeres, amely alkalmazkodik a táj, a környezet sajátosságaihoz és kihasználja a biológiai sokféleség gazdag tárházát. Tudatos génmegőrző tevékenységünkben szem előtt tartjuk a gazdaságilag előnyös tulajdonságok megőrzését, az alkalmazkodóképesség és a genetikai változatosság fenntartását. Emellett a génmegőrzésben esztétikai és etikai szempontok is szerepet játszhatnak.
A HGI gödöllői telepén 14 őshonos magyar fajtát és számos egyéb haszonállatfajtát tart fenn génmegőrzési és bemutatási, oktatási célból. Ezek a következők.
- baromfi fajták:
- szarvasmarha fajták
- kárpáti borzderes (génmentési programban)
- magyar tarka
- magyar szürke
- magyar házi bivaly
- sertés fajták
- juh fajták
- cikta
- cigája
- racka
- suta racka (génmentési programban)
- kovásznai sárgafejű berke(génmentési programban)
- magyar parlagi kecske
- magyar parlagi szamár
- pannon méh
- magyar óriás nyúl
- hucul ló